Đây là ngôi chùa cổ ở Xã Thạnh Phú, Huyện Châu Thành, Tiền Giang.
Lúc đầu chùa chỉ là một cái am nhỏ bằng tre lá do bọn trẻ chăn trâu lập nên, vì thế được gọi là Chùa Mục Đồng. Mãi đến năm 1722, có một nhà sư từ miền Trung vào tên là Nguyễn Phước Chánh, pháp hiệu là Nguyệt Hiện đến trụ trì, ông này rất giỏi thuật phong thủy, sau khi xem xét thế đất ông cho rằng chùa được dựng trên mạch suối rồng, ắt sẽ có chơn mạng đế vương đến ngự. Nghe thế Hòa Thượng Nguyệt Hiện cho đặt tên chùa là Long Tuyền Tự, tức là Chùa Suối Rồng.
Cũng tương truyền rằng sau khi Nguyễn Ánh bị quân Tây Sơn đánh bại tại đoạn Sông Tiền từ Rạch Gầm đến Rạch Xoài Mút (1785), ông đã bỏ thuyền lên bờ chạy trốn. Bị truy đuổi ráo riết, ông phải chạy vào Chùa Long Tuyền Tự lánh nạn trong chiếc chuông đồng (Đại Hồng Chung). Lúc Nguyễn Ánh ngồi, Nguyễn Huỳnh Đức cùng Hòa Thượng và chú Điệu thả chuông xuống. Linh hiển thay, nhện đâu giăng phủ, bụi đất bám đầy chuông. Khi quân Tây Sơn kéo đến xô mãi mà chuông không lay động đành bỏ đi tìm nơi khác, vậy là Nguyễn Ánh thoát nạn.

Năm 1802, sau khi dẹp được nhà Tây Sơn Nguyễn Ánh lên ngôi vua lấy hiệu là Gia Long.
Năm 1811, nhớ lại ngôi chùa đã từng cứu mạng mình nên vua Gia Long ra sắc chỉ đặt lại tên chùa là Long Nguyên Tự tức là Chùa Bãi Rồng, và phong cho Hòa Thượng, ông Nguyễn Phước Chánh, người che chở cho vua thoát nạn, hàm ân là Mẫn Huệ Thiền Sư Đại Lão Hòa thượng, cấp ruộng đất, 10 người dân phu cho chùa và xem đây như là chùa của nhà vua.
Đến năm 1841, Vua Thiệu Trị cho đổi tên chùa thành Linh Thứu Tự, chữ Linh Thứu nói trên, tiếng phạn là Kỳ Xà Quật, tên của một hòn núi mà Đức Phật Thích Ca Mâu Ni thường thuyết pháp khi xưa. Còn dân gian thì quen gọi là chùa Sắc Tứ là chùa được bảng vàng của nhà vua phong cho.
“Sắc vua phong tặng bảng vàng
Trang nghiêm Phật Pháp vẻ vang nước nhà”
Chùa đã trải qua hai lần trùng tu qui mô:
Lần thứ nhất vào năm 1890 do Hòa Thượng Chánh Hậu trụ trì.
Lần thứ hai vào năm 1974, để cho chùa có diện mạo đẹp đẻ như ngày hôm nay.
Chùa Sắc Tứ từ khi thành lập đã trải qua 15 đời truyền tự:
– Hòa Thượng Nguyệt Hiện (1722-178)
– Hòa Thượng Trí Huệ (1789-1811)
– Hòa Thượng Thoại Lâm (1811-1832)
– Hòa Thượng Huệ Thắng (1832-1854)
– Hòa Thượng Liễu Kim (1854-1869)
– Hòa Thượng Trí Hoàng (1869-1880)
– Hòa Thượng Chánh Hậu (1880-1897)
– Hòa Thượng Chí Thành (1897-1923)
– Giáo Thọ Chơn Huệ (1923-1935)
– Hòa Thượng Thành Đạo (1935-1951)
Đến 1951 chùa Sắc Tứ trở thành chùa Ni, từ đó chùa được 3 Ni trưởng thay nhau trụ trì :
– Ni trưởng Như Nghĩa.
– Ni trưởng Thông Huệ.
(Hai Ni trưởng đã viên tịch và được thờ ở hậu tổ).
– Viện chủ trì Ni trưởng Như Chơn đến 1994 vì tuổi già sức yếu, nên
– Ni sư Thích Nữ Như Quang kế thừa trụ trì (đến 1996 thì viên tịch).
– Năm 1996 Ni Sư Thích Nữ Như Mình trụ trì.
Từ buổi khai sơn và mãi mãi về sau, quê hương Tiền Giang vẫn còn lưu truyền câu chuyện này, ngôi chùa cổ Linh Thứu vàng son trong chánh pháp từ bi cứu khổ chúng sanh. Với ý nghĩa :
Mái chùa che chở hồn dân tộc
Nếp sống muôn đời của tổ tiên.