Năm 1890, bổn đạo đến chùa sắc tứ Linh Thứu thỉnh Hòa thượng Quảng Ân – Chánh Hậu về trụ trì. Năm 1895, ngài đã tổ chức xây lại ngôi chùa. Chùa lại bị hư hỏng nặng vì trận bão năm 1904. Từ năm 1907 đến năm 1911, ngài đã khuyến giáo tín đồ đóng góp công của đại trùng tu ngôi chùa và mời điêu khắc gia Tài Công Nguyên đảm nhận phần trang trí và tạc các tượng thờ trong chùa.

Vĩnh Tràng là một trong số ngôi chùa có kiến trúc độc đáo nhất Nam Bộ và cổ nhất Tây Nam Bộ. Với vẻ đẹp tráng lệ của kiểu kiến trúc “cổ lầu” cùng khả năng tưởng tượng trong nghệ thuật ghép mảnh sành, mảnh sứ để tạo nên những bức tranh với màu sắc hài hòa, minh họa những sự tích nhà Phật, những truyện dân gian và những đề tài tứ quý, tứ linh, hoa lá…đôc đáo, do nghệ nhân xứ Huế thực hiện năm 1933, đã làm biết bao nhiêu du khách phải ngạc nhiên, trầm trồ khen ngợi.

Ngôi chùa được xây dựng theo dạng chữ “quốc” của Hán tự, tập trung nhiều tác phẩm mỹ thuật của các thế hệ nghệ nhân khắp ba miền như bộ bao lam bát tiên kỵ thú được bài trí xung quanh lòng cột, hơn sáu mươi bức tượng Phật, bức tranh phù điêu hiếm, bốn cột cái của chùa treo long trụ được sắp xếp theo bố cục độc đáo ” chim phượng đứng trên đầu rồng”, cột phía ngoài chạm tứ linh…

Chùa gồm bốn gian nối tiếp nhau: Tiền đường, chánh điện, nhà tổ và nhà hậu, rộng 14.000m2, Chánh điện được xây dựng theo lối kiến trúc kết hợp á âu với những hàng cột thanh mảnh vòm cong, có bộ phù điêu bát tiên cưỡi thú. Trên nóc chùa có 5 mái nhô cao, tượng trưng cho Ngũ hành theo quan niệm phương Đông.

Mặt tiền chùa Vĩnh Tràng trang trí hài hòa theo kiểu kết hợp đặc điểm kiến trúc Á-Âu. Ở đây có những hoa văn theo kiểu thời Phục Hưng, vòm cửa theo kiểu La Mã, bông sắt của Pháp, gạch men của Nhật Bản…chữ Hán viết theo lối chữ triện cổ kính, còn chữ quốc ngữ lại viết theo lối chữ Gô-tích.

Từ xa trông vào, du khách có thể hình dung ngôi chùa như Ăngco có 5 tháp thể hiện khái niệm ngũ hành (kim, mộc, thủy, hỏa, thổ), khiến du khách phải lặng nhìn suy tư.

Ở chính điện có bao lam được chạm trổ công phu, trong đó có bộ phù điêu bát tiên cưỡi thú do các nghệ nhân tại địa phương thực hiện vào khoảng năm 1907-1908. Trên bàn thờ có nhiều pho tượng như A Di Đà, Thích Ca, La Hán và các tượng Bồ Tát…

Bộ tượng cổ nhất ở chùa Vĩnh Tràng là bộ Tam Tôn (Di Đà, Quan Âm, Thế Chí) được làm bằng đồng. Tượng Ngọc Hoàng cũng bằng đồng to bằng người thật.

Hai bên tường trong chánh điện là bàn thờ Thập Điện Minh Vương Bồ Tát. Đặc biệt ở đây còn có bộ tượng Thập Bát La Hán và những tác phẩm chạm khắc bằng gỗ độc đáo, mà một số nghệ nhân ở Nam bộ đã tạo vào năm 1907.

Bộ tượng này bằng danh mộc, kiến trúc theo kiểu “thượng thu hạ cách”, mỗi tượng cao khoảng 0,8 m, bề ngang gối 0,58 m được đặt hai bên điện Phật, đặc biệt là bộ Thập Bát La Hán bằng gỗ mun ở hai bên điện với mười tám vị cưỡi trên lưng thú, tay cầm bửu bối tượng trưng cho “lục căn” theo giáo lý, đây cũng là đỉnh cao trong nghệ thuật tạc tượng tròn nơi vùng đồng bằng Nam bộ.

Chùa còn giữ được chiếc đại hồng chung sau nhiều năm thất lạc nặng đến 150kg, chiều cao 1,2m trên thân chuông có ghi rõ Vĩnh Trường Tự bằng chữ Hán.

Trong khuôn viên chùa còn có nhiều chậu cây cảnh, chậu hoa, hòn non bộ, hồ sen, làm nổi bật nên bức tượng Phật cao tới 24m, tạo được cảm giác yên lành, thanh thản trong lòng du khách, đồng thời cũng là trang điểm cho ngôi chùa thêm lộng lẫy hơn.

Du khách đến nơi này ngoài việc hành hương chiêm ngưỡng cảnh đẹp còn có thể mua nhiều hàng lưu niệm hoặc các ấn phẩm Phật giáo, có thể ngồi thư giãn trên các băng đá cạnh ao lam mát rượi, ngắm đàn cá chép lội tung tăng bên hòn non bộ, đắm mình trong tiếng chuông chùa ngân nga…và cũng có thể để có một phút nào đó thấy lòng vượt thoát khỏi mọi ưu phiền bận rộn của cuộc sống thường nhật.